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對(duì)蝦急性肝胰腺壞死病PCR檢測(cè)方法免費(fèi)公開
2018/4/26 15:11:56

   以泰國(guó)T.W.Flegel教授以及臺(tái)灣羅竹芳教授為首的研究人員已經(jīng)公開確定引起急性肝胰腺壞死病(hepatopancreatic necrosis disease,AHPND)的那株特異性副溶血性弧菌的PCR快速檢測(cè)的方法,并且公布了檢測(cè)方法的PCR引物以及反應(yīng)方法。

  

  前言:

  

  在泰國(guó),實(shí)驗(yàn)由Centex Shrimp (泰國(guó)瑪希隆大學(xué)杰出人才中心對(duì)蝦研究組)、瑪希隆大學(xué)公共衛(wèi)生部和水產(chǎn)養(yǎng)殖企業(yè)研究中心部、水產(chǎn)科學(xué)研究院、農(nóng)業(yè)大學(xué)等多名研究人員完成的。自2011以來(lái),這項(xiàng)工作得到了農(nóng)業(yè)研究發(fā)展機(jī)構(gòu)、臺(tái)灣國(guó)家科學(xué)委員會(huì)等多個(gè)機(jī)構(gòu)的資金支持。

  

  2013年12月5日,研究人員通過(guò)獲得的基因序列的對(duì)比信息,參照對(duì)比信息可以測(cè)試不同的PCR檢測(cè)方法,他們花了近20天的時(shí)間來(lái)驗(yàn)證不同的PCR檢測(cè),并公布了他們認(rèn)為最好的檢測(cè)方式。

PCR  操作:

  預(yù)熱 : 94°C, 5min

  PCR 25~30 cycles with:

  變性 : 94°C, 30 sec

  退火 : 60°C, 30 sec 

  延伸 : 72°C, 60 sec 

  后延伸 : 72°C, 10 min

  擴(kuò)增產(chǎn)物  : ~700 bp

  

  AHPND 引物組1 (AP1) 

  AP1F:- 5’- CCTTGGGTGTGCTTAGAGGATG -3’  

  AP1R:- 5’- GCAAACTATCGCGCAGAACACC -3’ 

  AP1擴(kuò)增產(chǎn)物為700 bp

  

  AHPND 引物組2 (AP2)  

  AP2F:- 5’- TCACCCGAATGCTCGCTTGTGG -3’ 

  AP2R:- 5’- CGTCGCTACTGTCTAGCTGAAG -3’

  AP2擴(kuò)增產(chǎn)物為700 bp



正文如下:

  

  目前,養(yǎng)蝦業(yè)在亞洲的經(jīng)濟(jì)局勢(shì)非常嚴(yán)峻,由對(duì)蝦死亡和停止養(yǎng)蝦造成的經(jīng)濟(jì)損失非常大。我們相信及時(shí)公布檢測(cè)方法,降低AHPND暴發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的所獲得的收益,遠(yuǎn)遠(yuǎn)比從檢測(cè)產(chǎn)品中收到的專利費(fèi)用以及我們研究所需要的費(fèi)用要多。如果要申請(qǐng)專利,還需要推遲幾周甚至到幾個(gè)月的時(shí)間用來(lái)準(zhǔn)備文件,以及準(zhǔn)備足量的商業(yè)檢測(cè)試劑盒投入市場(chǎng),以滿足市場(chǎng)需求。我們無(wú)法預(yù)測(cè)推遲幾天、幾周甚至幾個(gè)月里,將造成的潛在市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)損失。

  

  基于以上諸多因素,我們決定公開AHPND的PCR檢測(cè)操作方法,允許這些信息更為廣泛、迅速的傳播,以減少暴發(fā)AHPND的風(fēng)險(xiǎn)。

  

  雖然我們已經(jīng)做了大量測(cè)試,但由于樣本數(shù)還是有限的,簡(jiǎn)單地說(shuō),我們發(fā)現(xiàn)以下幾個(gè)情況:

  

  1、這兩對(duì)引物檢測(cè)了68個(gè)樣品,兩對(duì)引物檢測(cè)67個(gè)樣本的檢測(cè)結(jié)果是一致的。

  

  2、從糧農(nóng)組織在越南用于研究宏基因組學(xué)分析收集的對(duì)蝦肝胰臟組織(每個(gè)池塘10蝦)的14個(gè)樣本中,其中8個(gè)樣品具有積極的AHPND病理特征,但PCR檢測(cè)結(jié)果顯示5個(gè)為陽(yáng)性結(jié)果3個(gè)為陰性結(jié)果(兩對(duì)引物檢測(cè)顯示結(jié)果);而5個(gè)樣品的AHPND病理特征不明顯的,兩對(duì)引物PCR檢測(cè)結(jié)果均為陰性結(jié)果。

  

  3、68個(gè)測(cè)試樣本中分理出5株副溶血弧菌的AHPND樣本中,并通過(guò)生物鑒定都可以導(dǎo)致AHPND病變,其中有3個(gè)樣品是在2002年在對(duì)蝦底泥中分離得到的弧菌,并被證實(shí)并不會(huì)引起暴發(fā)AHPND(兩對(duì)引物檢測(cè)結(jié)果顯示呈陰性),另外2株在水體及蝦體取得的樣本,尚未進(jìn)行生物測(cè)試。

  

  4、有一個(gè)弧菌生物測(cè)定不會(huì)導(dǎo)致AHPND的組織病理,但是養(yǎng)殖過(guò)程中的卻造成高死亡率并伴隨著肝胰腺組織病變癥狀,兩對(duì)引物PCR檢測(cè)結(jié)果均為陽(yáng)性。

  

  5、新分離的瓦氏菌(Shewanella)、紅球菌(Rhodococcus)、賴氏細(xì)菌(Leifsonia)、戴爾福特菌( Delftia)、青枯菌(Ralstonia)、創(chuàng)傷弧菌(V. vulnificus)、哈維氏弧菌( V. harveyi)、溶藻弧菌(V. alginolyticus)和枯草芽孢桿菌(B. subtilis)的兩對(duì)引物檢測(cè)結(jié)果為陰性。

  

  至此,我們不能保證所闡述的方法與每個(gè)可能的非AHPND細(xì)菌的樣本或者其它有機(jī)體沒(méi)有交叉反應(yīng)。我們也不能保證這種方法能檢測(cè)出每一株可能引起對(duì)蝦AHPND的細(xì)菌。我們也邀請(qǐng)所有行業(yè)人員,幫助我們進(jìn)行進(jìn)一步的驗(yàn)證、改進(jìn)這個(gè)檢測(cè)方法。

  

  我們初步的序列拼接和序列比較分析表明,我們已經(jīng)確定了的目標(biāo)序列來(lái)自細(xì)菌的質(zhì)粒DNA并不是來(lái)自于AHPND菌株的染色體DNA。如果這個(gè)假設(shè)被證實(shí),這也將影響AHPND有關(guān)的毒力傳導(dǎo)機(jī)制。然而確定毒素所需的時(shí)間目前還無(wú)法確定。由于情況緊急,我們決定發(fā)布PCR檢測(cè)引物序列信息,它將作為一個(gè)臨時(shí)檢測(cè)工具,直到毒素被確定。


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